L'armée de Moreau progresse durant le printemps 1800 en remontant la vallée du Danube et en livrant des combats victorieux. Elle a pour objectif d'atteindre Vienne. Après que Moreau s'empare d'Ulm, le maréchal autrichien Pál Kray sollicite un armistice le 15 juillet 1800, à Parsdorf. Moreau, en manque de munitions, accepte. Mais rapidement, des désaccords éclatent entre les deux camps, rendant inévitable la reprise du conflit. Le cabinet de Vienne, jugeant que Kray manque de pugnacité, le relève de son commandement et le remplace par l'archiduc Jean-Baptiste d'Autriche. La guerre reprend dès la fin du mois de novembre. L'archiduc commence par concentrer son armée austro-bavaroise devant Munich. Ayant repris sa marche en direction de Vienne, Moreau place ses forces sur la clairière de Hohenlinden, un plateau boisé situé entre l'Isar et l'Inn. C'est ici qu'il compte stopper la marche en avant des Autrichiens. Ayant battu les Français à Ampfing, le 1er décembre, Jean-Baptiste approche, deux jours plus tard, des positions de Moreau. C'est sur un sol gelé que vont s'affronter les troupes françaises et autrichiennes.

L’armée française s'appuie, à gauche, sur Hartofen et Hohenlinden, pour consolider la garde des défilés de l’Isar avec les unités commandées par les généraux Bastoul, Grenier et Legrand. Le centre français, composé par les unités de Ney et de Grouchy, est situé au sud-est de Hohenlinden. La droite, dirigée par Richepanse, se trouve entre Ebersberg et Sankt-Christoph et emprunte le sentier de Maitenbeth. Elle doit déboucher sur les arrières de l'ennemi qui progresse dans la forêt.

Le 3 décembre, les Autrichiens avancent dans les bois en 4 colonnes distinctes qui n'ont aucune liaison entre elles :

Sur la droite, le général Kienmayer avance sur l'Isar et Baillet-Latour progresse sur Burgiau.

Au centre, le général Kolowrath, accompagné par l'archiduc Jean-Baptiste, s'achemine vers Hohenlinden par le défilé de Maitenbeth.

À gauche, Riesch se dirige sur Sankt-Christoph.

L'affrontement commence à 8 heures quand Kolowrath attaque le centre français, fermement défendu par Ney et Grouchy. Au même moment, Richepanse marche sur Sankt-Christoph, surprenant les troupes de Riesch. Le général français, engageant le combat, lance l'une de ses brigades à travers bois pour prendre l'ennemi à revers.

Parvenu à Maitenbeth, Richepanse, soutenu par les unités de Decaen, laisse une de ses demi-brigades face à l'arrière-garde autrichienne et engage le reste de ses moyens sur les arrières de l'ennemi dans le défilé de Maitenbeth. Pris à revers, les Autrichiens accusent un certain flottement. Au même moment, Moreau ordonne à Grouchy et Ney d'aller de l'avant dans le but d'aborder l'ennemi de front et de flanc. Les troupes de Kolowrath se retrouvent débordées et doivent se disperser dans les bois.

Pendant ce temps, les divisions Grenier, Bastoul et Legrand, attaquées par Kienmayer et Baillet-Latour, lâchent pied quelque temps. Mais la situation se rétablit et, appuyées par Ney, les trois divisions repartent à l'attaque et repoussent l'adversaire qui s'enfuit vers Isen dans le plus grand désordre.

Le bilan officiel autrichien fait état de 978 tués, 3 687 blessés et 7 195 prisonniers pour l'Autriche ainsi que 50 canons et 85 caissons d'artillerie. Les pertes bavaroises sont de 24 tués, 90 blessés et 1 754 prisonniers, plus 26 canons et 36 caissons perdus